Монастир ордену францисканців, зведений на честь Святого Іоанна, будувався на замовлення католицьких монархів Фердинанда й Ізабелли. Королівське подружжя хотіла бачити монастир як пам'ятник своєї перемоги над португальським монархом при Торо (1476). У підсумку монастир став однією з найвідоміших в країні споруд в стилі іспанської готики - ісабеліно.
Спочатку передбачалося, що Сан-Хуан-де-лос-Рейес повинен стати королівської усипальницею, від чого він і будувався з таким розмахом. Перший проект Ізабелла відкинула - він здався їй не надто розкішним. Зате другий, той, який і був втілений у життя, повністю виправдав її сподівання.
Північний фасад храму був колись «декорований» тими ланцюгами, в яких маври тримали християнських полонених в Гранаді - як знак торжества над невірними.
