Ця церква була зведена в Єрусалимі хрестоносцями в XII столітті. Місце вони вибрали не випадково, так як згідно з легендами християн, на цьому місці стояв будинок батьків Богородиці - праведних Іоакима і Анни.
Після того, як королівство хрестоносців на Святій землі впало, мусульмани вирішили влаштувати в церкві навчальний заклад. Ймовірно тому храм зберігся і не був зруйнований. Коли наприкінці XIX століття церкву передали французькому чернечому ордену Білих Братів, вони відреставрували її, привівши в порядок всі приміщення.
Грот, де народилася Діва Марія, знаходиться в церковній крипті. Історики свідчать про те, що до гроту завжди йшли прочани, навіть тоді, коли навчальний заклад тут закрилося і Єрусалим знаходився під владою турків. Предмети, які були знайдені при розкопках, виставлені в археологічному музеї при церкві.
